烟台市轻工集体企业联社前身是1955年6月山东省手工业生产合作社联合社筹备委员会在文登专署设立的办事处和1955年7月在莱阳专署设立的办事处。1956年7月，文登专署并入莱阳专署，两个办事处随之合并为山东省手工业生产合作社联合社莱阳专署办事处。1958年，专署从莱阳迁至烟台。1961年10月，成立烟台专署手工业管理局。1962年，山东省手工业生产合作社联合社烟台专署办事处成立，与专署手工业管理局合署办公，一套机构，两个牌子。文革期间，专署手工业管理局先后并入烟台地区革命委员会工业交通办公室、地区革命委员会工交领导小组、地区革命委员会生产指挥部轻工业局、地区革命委员会第二轻工业局、地区行政公署第二轻工业局，办事处（联社）工作基本处于瘫痪状态。1983年9月，烟台地改市，地区行政公署第二轻工业局更名为烟台市第二轻工业局。1984年，经烟台市人民政府批准，恢复成立烟台市手工业联社，与市第二轻工业局合署办公。1996年市级机构改革，市第二轻工业局更名为烟台市二轻工业总公司，联社仍与之合署办公。2000年市级机构改革，撤销市二轻工业总公司，联社独立设置，并更名为烟台市轻工集体企业联社，为全市各级轻工集体企业联社和轻工集体企业组成的联合经济组织，按照机关管理。其上级部门是山东省轻工集体企业联社、中华全国手工业合作总社，所属烟台市各级轻工集体企业为其成员单位。